植物科学实验教学中心的前身是“基础生物学实验室”，在“九五”期间由植物学实验室、植物生理学实验室、生物化学与分子生物学实验室、遗传学实验室等组建而成。基础生物学实验室于1998年6月通过了湖南省“双基”实验室合格评估；2002年10月通过了“双基”实验室复评。2002年至2005年分别进行了中央与地方共建高校基础课实验室专项建设和湖南省普通高等院校基础课示范实验室建设，并先后完成项目验收工作，成为湖南省首批普通高等院校“基础课示范实验室”。2006年学校决定将基础生物学、作物学、园艺学、植物保护学、农业生物技术等基础实验教学内容进行整合，组建“植物科学实验教学中心”。2007年11月正式批准列入国家级实验教学示范中心建设单位，2012年通过验收正式成为植物科学国家级实验教学示范中心。中心实行校、院两级管理并向校内外师生开放。