早期的植物分类法是根据植物的用途、习性、环境或植物器官的某些形态特征(如  花的颜色、雄蕊的数目、叶的形状等)作为标准进行分类的，这种分类方法称为人为分类法，用人为分类法编制的系统称为人为分类系统。由于这种系统不能反映植物间的亲缘关系，现已不采用。但有时亦有特殊情况，为了某种应用上的需要，各种人为分类系统仍然在使用，如经济植物学中往往以油料、纤维、香料、药用植物进行分类。

    自达尔文《物种起源》发表后，植物分类工作者认识到自然界的植物之间有一定的亲缘关系，并开始依据植物进化趋向和彼此间的亲缘关系来分类，这种分类法称为自然分类法，用自然分类法编制的系统称自然分类系统。

    近几十年来，植物分类学运用了现代科学技术，得到了较大的发展，出现了许多新的研究方向和新的分类方法，推动了经典分类学不再停留在描述阶段而是向着客观的实验科学方向发展。

    实验分类学，由于经典分类学对种的划分，常不能准确地反映客观实际，也常忽视生态条件对一个物种形态习性的影响，以致使有些类型表现出许多形态变化，难以划分，须从实验分类学的研究去解决。

    细胞分类学，是利用染色体资料探讨分类学问题的学科。从20世纪30年代初期，就开始了细胞分裂时染色体数目和形态的比较研究，到目前为止，大部分植物的科，属进行了染色体数目的普查，发现同一科染色体数目既有差别又有一致的类群。如木兰目里多数科的染色体基数为：X=19，非常一致。蔷薇科的梨亚科，差不多1000种的染色体基数全部为17，而其他几个亚科则分别为7、8、9等等。

    化学分类学，是利用植物的化学组成所表现出来的特征来研究植物各类群间的亲缘关系。过去对植物化学成分的研究，偏重于从植物体内代谢产物的小分子化合物如生物碱、黄酮类、甙类等次生化合物的研究，对于扩大开发利用植物资源起到重要作用。随着科学的发展，对大分子化合物蛋白质、酶和核苷酸的研究，为探索植物分类和亲缘关系提供了极为有利的条件。

    数值分类学，是由于近代科学技术发展，电子计算机在分类学中的应用而建立起来一门新兴的边缘学科。数值分类学以表型特征为基础，利用有机体大量性状(包括形态学的、细胞学的和生物化学等的各种性状)、数据，按一定的数学模型，应用计算机算出结果，从而作出有机体的定量比较，客观地反映出分类群之间的关系。如根据选取人参属(Panax)52个形态性状，细胞学性状和化学性状，对中国人参属10个种和变种进行数值分类学研究，进一步证明化学分类研究把人参属分为两个类群基本上是合理的。研究表明达玛烷型皂甙的含量与根、种子和叶片的锯齿性状有密切关系。种子大、根肉质肥壮，叶片锯齿较稀疏，达玛烷四环三萜含量就高。齐墩果酸型皂甙的含量与熟果具黑斑点这一性状十分一致，与根状茎节间宽窄、花序梗长短(花序梗长与叶柄长之比)也有关。